Έλεγχος και βελτιστοποίηση της υλοποίησης OpenMIC (καταργήθηκε 2013)

Ο μετρική MIC (maximal information coefficient) επιτρέπει την εύρεση μη προκαθορισμένων συσχετίσεων σε σύνολα δεδομένων πολλαπλών διαστάσεων. Η εργασία αυτή στοχεύει στον έλεγχο και τη βελτιστοποίηση μιας υλοποίησης της μετρικής αυτής που είναι διαθέσιμη ως λογισμικό ανοικτού κώδικα. Περισσότερες πληροφορίες σχετικά με τη μετρική αυτή υπάρχουν στην ιστοσελίδα που δημιουργήθηκε από την ομάδα που την ανακάλυψε καθώς και το αντίστοιχο άρθρο που δημοσιεύτηκε στο περιοδικό Science.

Ως βάση της εργασίας παρέχεται κώδικας που υλοποιεί τους αλγόριθμους που αναφέρονται στο άρθρο, μεταγλωττίζεται, και περνά όλους τους ελέγχους μονάδας, καθώς και η αρχική εφαρμογή ως πλαίσιο αναφοράς.

Πράγματα που πρέπει να κάνετε είναι τα παρακάτω.

• Να διορθώστε την εφαρμογή ώστε να παράγει αποτελέσματα κοντά σε αυτά της αρχικής εφαρμογής.
• Να βελτιστοποιήστε τον αλγόριθμο με επιθετική χρήση βοηθητικής μνήμης (caching).
• Να εξετάσετε άλλες μεθόδους για να επιτύχετε καλύτερα αποτελέσματα σε μικρότερο χρόνο.

Βιβλιογραφία

• D. Reshef, Y. Reshef, H. Finucane, S. Grossman, G. McVean, P. Turnbaugh, E. Lander, M. Mitzenmacher, P. Sabeti. Detecting novel associations in large datasets. Science 334, 6062 (2011).